2008年和2010年肠道病毒7l型广州分离株全基因组序列分析

目的研究2008年和2010年广州地区手足口病患者中肠道病毒71型(EV71)病毒全基冈组序列的基因型与变异特点。方法参照GenBank上EV71深圳株SHZH03(AY465356)基因组设计分段扩增引物，进行RT-PCR分段扩增EV71病毒基因组，PCR产物直接进行序列测定，用ClustalW／X、DNASTAR、MEGA4．1等软件分析基因组序列。结果克隆9株广州株EV71，病毒全基因组全长序列均为7405 bp，提交到GenBank上的序列号为HQ456305、HQ456306、HQ456307、HQ456308、HQ456309、HQ456310、HQ4563ll、HQ456312、HQ456313。将9株广州株EV71与EV71的A、B3、B4、B5、cl、c2、C3、c4型及阜阳株全基因组核苷酸序列进行Clustal W比较，发现与C4a型阜阳株等同源性为98％～99％，与C4b同源性为91％一93％，与C1一C3同源性为82％～83％，与B3一B5同源性为81％～83％，与A型同源性为80％。将9株广州分离株EV71的VPl基因与EV71病毒A、B、C型进行ClustalW比较，同样是与C4a为98％～99％，与C4b同源性为92％～94％。与cl。C3的同源性为88％～89％，与Bl～B5型同源性为83％一84％，与A型同源性为81％～82％。将9株广州株与EV71的A、B、C型vPl基因氨基酸序列进行ClnstalW比对，发现VPl基因22位点的谷氨酰胺转变为组氨酸(Q—H)，聚合蛋白中213位点(S—T)和1764位点(V—I)也发生了氨基酸的点突变，P的213位点属于VP2基因，1764位点属于3D基因。结论2008年和2010年分离的9株广州株EV71属于C4a型，与阜阳株同源性为98％～99％，vPl基因22位点发生了点突变．聚合蛋白中213位点和1764位点也发生了氨基酸的点突变