北京地区流行的HIV-1 CRF01_AE株基因特征研究

目的 分析北京地区HIV-lCRF01一AE株在的棊因特征。方法 采集北京地区2006—2008年新确证HIV感染者的抗凝全血标本, 分离血浆和提取病毐RNA, 用反转录/巢式聚合酶链式反应扩增病毐gag基因, 对获得的105条CRF01_AE株序列进行系统进化分析, 并通过计算组间距离和Entropy核苷酸多态性差异方法分析病毒洙的遗传特征。结果 在CRF01一AE株序列系统进化树中存在4个主要的亚簇, Homo-Max亚簇包含67例样本, 同参考株CM240组间基因离散率为5.4%, 组内离散韦为2.8%;Hetero亚簇包含6例样本, 组间基因离散率为4.8%, 组内离散率为4.2%。Mix亚簇包含8例样本, 组间基因离散率为4.2%, 组内离散率为5.2%。Homo-Min亚簇包含18例样本, 组间基因离散韦为4.4%, 组内离散率为2.8%。Homo-Max、Hetero和Homo-Min亚簇尤其他M家的序列, Mix亚簇与越南和泰HCRF01—AE株关系密切;核伴酸多态性分析结果S示, 以Mix亚簇为参照, Homo-Max、Homo-Min和Hetero亚族分别有37、29和11个位点的核苷酸组成, 差异有统计学意义。结论 北京地区流行的CRH)1_AE病毒株中昏次观察到4个独立的亚簇；Homo-Max亚簇株为最主要的CRF01_AE株；Mix亚簇株与来自于泰M和越南的CRF01_AE株有较高同源性