人埃可病毒20型KM/EV20/2010分离株的全基因组序列分析

目的 对人埃可病毒20型(ECHO20)KM/EV20/2010分离株全基因组进行序列测定, 并分析其分子变异和进化特点。方法 设计针对KM/EV20/2010引物, 提取病毒RNA, RT-PCR扩增和序列测定获得全基因序列。利用Mega 4.1、RDP3和SimPlot 3.5.1软件分析全基因序列。结果 KM/EV20/2010病毒株基因组全长7 395 bp个核苷酸(nt), 5'端和3'端分别为744 nt和96 nt的非编码区, 5'和3'非编码区间为一个6 549 nt长的开放阅读框, 编码一个含2 183个氨基酸的多聚蛋白, 编码区内未见核苷酸的插入或缺失。与GenBank中现有唯一1株ECHO20 JV-1原型株全基因组序列相比对, 核苷酸同源性为80.1%, 氨基酸同源性为96.7%;构建基于全长VP1基因序列的进化树图并进行基因分型分析, ECHO20可分为6个基因型, 中国分离株分属Ⅲ和Ⅳ基因型, 其中KM/EV20/2010属于基因型Ⅳ, 且6个基因型之间核苷酸的差异为9.4%～21.7%。基于全基因组序列的种系进化分析提示KM/EV20/2010分离株与ECHO20原型株JV-1遗传距离很远, 未与原型株JV-1聚簇分布, 而与ECHO30病毒株遗传距离较近。分析发现KM/EV20/2010序列在非结构区可能存在重组。结论 中国ECHO20可分为6个基因型, KM/EV20/2010分离株属于Ⅳ基因型