云南省2009年埃可病毒6型分离株KM57-09全基因序列分析

目的 对云南埃可病毒6型(Echo6)分离株KM57-09全基因序列进行分析和研究，了解其遗传特性。方法 设计针对Echo6引物，提取病毒RNA、RT-PCR扩增和产物直接测序获得序列。利用Mega 5.05，RDP 3和SimPlot 3.5.1等生物学软件分析全基因序列。结果 获得KM57-09全基因纰核苷酸序列长度为7419 bp，编码含2191个氨基酸残基的多聚蛋白；与其他Echo6参考株核苷酸和氨基酸同源性分别为79.3%～80.2%和93.3%～94.4%，与原型株D'Amor核苷酸和氨基酸同源性分别为79.3%和93.6%。在基因组各个区段上Ech06KM57-09分离株的2C和3A区，与HN-2-E25核苷酸同源性最高，分别为86.3%和85.0%，而其5'UTR、VP4、3D和3'UTR区则与CoxB5-Henan-2010核苷酸同源性最高，分别为91.7%、81.2%、89.7%和96.9%。在VPl区上，与中国其他省份分离株的核苷酸和氨基酸同源性分别为80.0%-96.0%和95.8%～99.0%，而与其他国家分离株的核苷酸和氨基酸同源性分别为77.6%～96.O%和95.2%～99.0%。进化分析发现Echo6可分为5个分支，中国分离株分属C和E分支，其巾KM57-09属丁E分支，且5个分支之间核苷酸的差异为15.6%～23.3%。3D基因序列种系进化分析以及RDP 3和SimPlot 3.5.l软件分析发现KM57-09序列在非结构区可能存在重组。结论 Echo6可分为5个基因型，KM57-09分离株属于E基因型；中国大陆曾存存不同Echo6株传播链的流行