河南省手足口病例肠道病毒71型分离株的全基因组序列分析

目的对2008年河南省手足口病患者体内分离的肠道病毒71型(Ev71)进行全基冈组核苷酸序列测定。方法采用RT-PCR扩增覆盖全基因组的8个重叠基因片段，双向测序，DNAStar软件中的MegAlign等软件进行同源性分析，MEGA3软件进行进化树分析和做图。结果8个重叠基因片段序列拼接得到EV71全基冈组序列，共7405个核苷酸，与其他EV71病毒基因组构成相似，在非编码区有核苷酸的插入和缺失。同源性分析：在P1区，HENAN08株与安徽株(AnhuiFY08)、深圳株(SHZH98和SHZH03)、浙江株(Zhejian908)等毒株的核苷酸和氨基酸同源性分别大于91％和97％；与标准株(BrCr)和台湾流行株(TW2086)的核苷酸和氨基酸同源性分别大于75％和82％；与CoxsackievirusAl6(Cox．A16)的同源性最低，为68．7％和79．6％。在P2和P3区，HENAN08株与其他国内EV71株的同源性均较高，而与BrCr以及TW2086的同源性低于Cox．A16。Pi区遗传进化分析表明：HENAN08株与AnhuiFY08和Zhejian908的进化关系都密切，与Cox．A16疏远。结论HENAN08属EV71病毒的C4亚型，与AnhuiFY08、Zhejian908和SHZH03进化途径类同