中国南方四省区流行的HIV-1 CRFO 1 AE病毒株基因特征研究

目的 分析中周南方四省区HIV-1感染者中流行CRF01 AE病毒株的遗传特征。方法 从广东、广西、江西和湖南省(自治区)2006年新报告HIV-I感染者的血浆样本中提取病毒RNA, 用反转录/巢式PCR方法 扩增gag和erw基因片段, 对获得的CRFOI AE病毒株核酸序列进行系统进化分析, 并通过计算基闪距离和Entropy核苷酸多态性差异方法 分析毒株的遗传特征。结果 从210例CRF01 AE病毒株感染者中, 发现四省区流行的CRF01 AE病毒株存在2个主要的流行簇。流行簇I 共有123例样本, 未发现与之直接相关的凶际参考毒株。流行簇Ⅱ共有57例样本, 与越南CRF01fiE病毒株关系密切, 且存在不同时间样本的混杂。gag和elgv基闪遗传距离分析结果 表明, 流行簇I内基因遗传多样性均明显小于流行簇Ⅱ;核苷酸多态性分析结果 显示, 在gag基因片段42个位点核苷酸组成具有显著差异, erw基渊片段40个位点核苷酸组成存在显著差异;流行簇I相对于流行簇Ⅱ多态性减少的位点上有61个, 多态性增加的位点有21个。结论 在中国南方四省区流行的CRF01—AE病毒株中首次观察到2个独立的流行簇。流行簇I病毒株为该地区最主要的CRF01 AE病毒株, 其流行时间相对较短, 在人群中所占比例较多, 可能是病毒在流行过程中形成的具有传播优势的病毒株。流行簇Ⅱ病毒与来自于越南的CRF01 AE病毒株有较高同源性, 且存在与越南病毒株间的多次传播