肾素与抑制性地肤子皂苷相互作用的分子机制

地肤子中的木鳖子皂苷Ic和2’-O-β-D-吡喃葡萄糖木鳖子皂苷Ic有较强抑制肾素体外活性的功能。分子对接证实两皂苷与肾素结合较好，分别形成9 个和4 个氢键，氨基酸Ser230与Tyr231是氢键作用的关键残基，而Ala229、Met303、His301、Asp38、Arg82、Tyr83与Ile137则对疏水结合起重要作用。分子动力学模拟约1 000 ps后，两复合物平衡，均方根偏差分别为0.224 nm和0.219 nm，两皂苷降低了肾素链开始约160 个氨基酸的均方根波动。分子力学泊松-波尔兹曼表面积法获得的结合自由能分别为－44.36 kcal/mol与－62.46 kcal/mol，其中主要驱动力是静电和范德华作用，而极性溶剂化能则强烈阻碍结合。3 种方法综合揭示了两种地肤子皂苷抑制肾素的分子机制