基于16S rDNA高通量测序方法比较新疆西北部地区乳品中微生物的多样性

为更加全面地了解新疆特色乳品中微生物多样性，比较不同动物来源的原奶和酸奶的细菌群落结构，运用高通量测序技术，对乳品中细菌16S rDNA V4-V5区测序，进而对新疆克州和塔城地区牛奶、驼奶、马奶、羊奶、酸牛奶、酸驼奶和酸马奶7?种乳品中细菌群落组成和多样性进行分析。研究共获得539?557?条有效序列，379?个OTU。多样性分析表明，原奶样品中细菌Shannon-Wiener指数明显高于酸奶样品。微生物群落组成分析发现，不同乳品之间菌群组成差异较大。7?种乳品中的菌群均以厚壁菌门和变形菌门为主，但原奶样品主要以变形菌门为主，而酸奶样品主要以厚壁菌门为主。在属水平上，牛奶主要以假单胞菌属（Pseudomonas）为主，驼奶主要以埃希菌属-志贺菌属（Escherichia-Shigella），马奶主要以明串珠菌属（Leuconostoc）为主，羊奶中的优势菌属为乳球菌属（Lactococcus），而酸牛奶、酸驼奶和酸马奶都是以乳杆菌属（Lactobacillus）为优势菌属。不同动物来源的原奶和酸奶样品中的微生物多样性存在显著差异，并且原奶中检测到的环境污染菌和致病菌（或条件致病菌）的丰度也相对较高。本研究结果将为准确评估乳品中的微生物群落对新疆地区少数民族健康的影响提供一定的数据基础