采样方法对冷鲜鸡表面细菌DNA提取及高通量测序结果的影响

目的：比较涂抹法和冲洗法对冷鲜鸡表面细菌DNA提取及高通量测序结果的影响。方法：将4?只冷鲜鸡对半分开，分别采用涂抹法和冲洗法采集其表面微生物，提取基因组DNA，对细菌16S rRNA基因V3～V4区进行聚合酶链式反应扩增，通过Illumina Hiseq测序平台对扩增产物进行高通量测序，使用QIIME等软件对测序序列进行分析统计。结果：两种方法采集的样品在细菌基因组DNA提取、菌群丰富度、多样性及菌群结构等方面均无显著差异（P＞0.05）。高通量测序结果表明，冷鲜鸡表面细菌菌群主要分布于7?个门，10?个属。变形菌门为优势菌门，占70%以上；希瓦氏菌属、假单胞菌属、不动杆菌属、嗜冷杆菌属和环丝菌属为优势菌属，分别占10%～20%。结论：两种采样方法对冷鲜鸡表面细菌DNA提取及高通量测序没有明显影响，但冲洗法比涂抹法简单易行，且不易发生二次污染，因此更具有实用性。本实验同时也为冷鲜鸡表面细菌的研究提供了数据资料