中药废水污泥群落结构解析中PCR-DGGE引物的选择与评价

在中药废水生物活性污泥群落DGGE解析过程中，为了探讨16S rDNA通用引物的扩增效率和对污泥细菌群落的表征能力，选用包括简并性引物在内的11对通用引物扩增16S rDNA序列的4个可变区，并应用DGGE图谱评价不同引物的扩增效率和微生物种群多样性. 结果表明，采用不同引物对进行DGGE分析时，微生物种群多样性存在着显著的差异，其中V3和V6～V8可变区分辨率较高，图谱中条带丰富，多样性较好，适合分析中药废水生物活性污泥群落的结构，而V1～V3和V3～V5可变区DGGE图谱多样性较差. 基于此，采用16S rDNA的V3和V6～V8区引物调查中药废水生物活性污泥群落都是适宜的，若考虑到序列携带更多的分类信息，建议应用V6～V8可变区引物（B968F/B1401R）；为获得更高的群落多样性信息，建议将简并和通用引物扩增的V3区PCR产物等量混合后进行DGGE分析