小黑杨基因组的初步组装及SSR信息分析

摘要： 小黑杨是人们以小叶杨和欧洲黑杨为亲本培育出的杂交种，兼具双亲生长速度快、抗性强的优点。本研究通过二代测序技术，对小黑杨进行全基因组测序，初步组装出小黑杨基因组，并以此为基础，识别分析其SSR序列，为小黑杨品种划分、表型性状关联等提供参考。结果表明，共组装得到了366 876条总计368.96 Mbp的contig序列；对其中不小于2 000 bp的21 788条的非冗余contig进行SSR分析，共识别出18 111条SSR序列，其中一、二、三核苷酸重复基序较多。对得到的SSR序列设计引物，共得到12 838对引物，供今后实验使用