马铃薯StSnRK2.2基因克隆与生物信息学分析

摘要： 以马铃薯‘陇薯3号’（Solanum tuberosum）为试材，采用RT-PCR方法从马铃薯cDNA中克隆得到一个SnRK(Sucrose nonfermenting 1related protein kinase)基因，命名为StSnRK2.2，提交GenBank注册，注册号为JX280912。通过生物信息学分析，该基因开放阅读框全长1 020 bp，编码339个氨基酸，蛋白质分子量为38.33 kDa，等电点为5.93，α-螺旋43.36%，延伸链16.22%，β-折叠6.78%，无规则卷曲33.63%，无信号肽、不跨膜，是一个膜内蛋白。亚细胞定位分析预测主要存在于细胞核中。氨基酸序列同源性比较发现，马铃薯StSnRK2.2基因与其他目前已报道的抗逆效果显著的SnRK2家族基因具有较高同源性，同烟草PK11-C5基因的同源性最高，相似性达90.56％，在系统进化树中处于同一进化分枝上。并通过分析得到该基因具有13处丝氨酸磷酸化位点、4处苏氨酸磷酸化位点和4处酪氨酸磷酸化位点，可能与植物体内Ser/Thr蛋白激酶有关，因此，推测该基因属于SnRK2基因家族成员，可能在参与逆境胁迫反应、增强植物的抗逆性中起着重要作用