水曲柳EST-SSRs位点信息分析

摘要： 为使EST-SSRs分子标记技术在水曲柳辅助育种、基因定位、雌雄鉴定等研究中应用，本文对NCBI数据库中的12 100条水曲柳ESTs进行了分析，序列拼接得到全长为3.02×106 bp的非冗余的5 423个ESTs聚类，利用在线软件SSRIT进行SSRs位点搜索，共检索出9 489个SSRs位点。EST-SSRs的长度从6~46 bp之间变化。二核苷酸重复在水曲柳中占主导地位(6 914个)，占总SSRs的72.86%，其次是三核苷酸(24.96%）和四核苷酸(1.37%)。各种不同重复模式中出现最多的是(AG/CT)n(3 458次)，占二核苷酸重复的50.01%，其次分别是(AC/GT)n(24.47%)和(AT/AT)n(24.23%)。利用Primer 5.0软件共设计了147对EST-SSRs引物。水曲柳ESTs中SSRs出现频率较高，类型丰富，这一研究结果提供了水曲柳EST-SSRs信息，使该分子标记技术在水曲柳研究中的进一步应用成为可能