仿刺参体壁、肠和呼吸树全长cDNA文库的构建及部分ESTs初步分析

利用SMART cDNA文库构建试剂盒构建了健康仿刺参的体壁、肠和呼吸树的cDNA文库.检测结果表明,3个文库库容量分别为1.7×106、1.5×106和1.8×106;重组率均超过98%,插入片段平均长度均大于1 kb.证明所建cDNA文库的质量符合要求.对随机选取的6240个克隆进行5'端测序,得到5913条有效序列(体壁,2031,肠:1966,呼吸树:1916),去除低质量序列和小于100 bp的序列后,共得到5728条高质量的ESTs序列(体壁:1791,肠:1906,呼吸树:1851),序列平均长度为589 bp.经过软件拼接.共得到2613条单基因簇,包含495个序列重叠群和2118条单一序列.通过BLASTX搜索比对,获得基因注释序列853个(体壁:274个;肠:358个;呼吸树:221个),占总数32.6%,并进行了初步的功能分类.为进一步开展相关基因的克隆和分子标记的筛选莫定了基础