鲽科10种鱼类核糖体ITS2序列比较分析

为了解鲽科鱼类ITS2序列的多态性特征，本研究获得了鲽科10种鱼类310条ITS2序列，长度在419 ~ 486 bp之间。种内序列长度差异最小的为粒鲽（Clidoderma asperrima）（419 ~ 420 bp）和太平洋拟庸鲽（Hippoglossoides elassodon）（419 ~ 420 bp），其次为北岩鲽（Lepidopsetta polyxystra）（447 ~ 452 bp）和刺黄盖鲽（Limanda aspera）（457 ~ 463 bp），松木高眼鲽（Cleisthenes pinetorum）（452 ~ 462 bp）和圆斑星鲽（Verasper variegatus）（465 ~ 479 bp）的种内序列差异分别为10 bp和14 bp；其余4种鱼类根据长度差异（14 ~ 32 bp）分型为长（A型）、短（B型）序列类型，同时检测存在重组类型（R型），其中长度差异最大的是钝吻黄盖鲽（Pseudopleuronectes yokohamae）（454 ~ 486 bp），其次为尖吻黄盖鲽（P. herzensteini）（433 ~ 458 bp）、虫鲽（Eopsetta grigorjewi）（420 ~ 439 bp）、星突江鲽（Platichthys stellatus）（466 ~ 480 bp）。通过双参数模型（K2P）计算遗传距离可见，种内遗传距离多集中于0.002 ~ 0.027之间，仅星突江鲽和尖吻黄盖鲽因类型差异导致较高数值（0.043和0.053）；不同物种间遗传距离在0.046 ~ 0.180之间。10种鱼类ITS2的GC含量为63.95% ~ 70.16%；9种鱼类的二级结构均为具有5个分支（HelixⅠ ~ Ⅴ）的闭合环状结构，仅圆斑星鲽中由于存在Helix Ⅳ变异形成Helix Ⅳ-a和Helix Ⅳ-b而具有6个分支。基于ITS2构建的鲽科10种鱼类的系统进化树显示，不同种鱼类的克隆序列均单独聚支。序列的多态性特征分析表明，在具有不同序列类型的虫鲽、星突江鲽、尖吻黄盖鲽和钝吻黄盖鲽4种鲽科鱼类中，ITS2以非协同进化的方式存在，而其他6种鱼类为协同进化；虽然存在种间K2P遗传距离小于种内的个例，但ITS2在属间不同物种的区分上具有适用性。本研究结果丰富了鲽形目鱼类的ITS2数据，也将为鱼类的核糖体RNA序列多态性的研究提供科学依据