基于转录组测序的青天葵差异表达基因分析

目的：在青天葵球茎和叶片两个组织的转录组测序数据的基础上，进行差异表达基因（differential expressed gene，DEG）的筛选和分析。方法：采用RPKM方法计算青天葵转录组unigene在球茎和叶片中表达量，根据球茎和叶片之间RPKM的log2倍数绝对值大于1且错误发现率小于0.01筛选表达差异基因，将表达差异基因归类至Nr、GO、KEGG、Swiss-prot等公共数据数据库获取其功能释义；并基于功能注释，挖掘参与青天葵激素合成和信号传导过程的表达差异基因。结果：筛选出符合条件的差异表达基因共62 605条，包括了31 488条表达上调DEG和31 117条表达下调DEG。分别有51 652和14 215条DEG在GO和KEGG数据库中获得注释，涵盖GO数据库的42个功能亚类和KEGG数据库的280条代谢通路。在挖掘到的16个与青天葵激素合成和信号传导过程的表达差异基因中，7个为上调表达基因，9个为下调表达基因。结论：本研究通过转录组测序数据较全面地提供了青天葵球茎和叶片基因的差异表达情况，为青天葵的功能基因的克隆和功能分析等提供研究基础和理论依据