高通量测序和实时荧光定量PCR分析何首乌肝损伤与肠道微生物组的关系

目的采用Illumina高通量测序技术和实时荧光定量PCR（Real-Time PCR,RT-PCR）法研究何首乌（PM）致肝损伤与肠道微生物组间的关系,并验证两种定量方法的一致性。方法雄性SD大鼠随机分为5组：对照组、脂多糖（LPS）组、LPS+对乙酰氨基酚（APAP）组、PM组和LPS+PM组；大鼠尾iv给予4.0 mg/kg LPS建立肝损伤模型,各组相应每天1次ig给予0.625 g/kg APAP和12 g生药/kg PM,记录大鼠体质量；分别于造模后2、14 h、5和8 d,对大鼠粪便中细菌16SrRNA基因的V4高变区进行Illumina高通量测序,根据测序结果得出的差异物种,采用RT-PCR进行验证；取造模后8 d大鼠肝脏组织,HE染色,光学显微镜观察。结果大鼠肝脏病理学检查结果显示,与对照组比较,LPS组大鼠存在肉芽肿,PM组无异常病变；与LPS组比较,LPS+PM大鼠肝细胞出现轻度变性和微小肉芽肿增多,LPS+APAP组可见微小肉芽肿和淋巴细胞浸润。Illumina高通量测序结果提示,与对照组比较,随着PM给药次数增加,单独给予PM的大鼠肠道微生物无显著变化；LPS+PM组表现为肠球菌科和毛螺旋菌科细菌逐渐增加,乳杆菌属细菌减少,且与LPS组有差异；RT-PCR结果显示,与对照组比较,随着PM给药次数的增加,单独给予PM的大鼠肠道微生物无显著变化；LPS+PM组肠球菌科、毛螺旋菌科细菌数显著增加（P<0.05）,乳杆菌属细菌数显著减少（P<0.05）,且与LPS组比较有显著差异。结论 PM肝损伤大鼠存在不同程度的菌群失衡,且Illumina高通量测序和RT-PCR检测结果具有良好的一致性,但Illumina高通量测序技术可获得更多的微生物信息,更具优势