基于桤木属转录组测序的SSR分子标记的开发

[目的] 基于转录组数据开发适用于桤木属树种的SSR标记，揭示其在转录组序列中的分布类型及特征，为桤木属树种分子标记辅助育种提供有利工具。[方法] 利用MicroSAtellite（MISA）软件对所有转录组序列进行SSRs搜索，并对SSR位点的数量、分布特征进行统计分析。设计100对SSR引物，采用琼脂糖凝胶电泳和毛细管电泳分离检测方法对3种不同倍性桤木属植物（12份材料）进行遗传多样性检测，确定引物多态性及通用性。[结果] 85 769条Unigenes序列中发现8 678个SSR位点，分布在8 298条Unigenes中发生频率为9.67%，转录组序列中平均每14.04 kb长度就有一个SSR位点分布。其中，二核苷酸重复类型数量最多，占65.87%。根据转录组Unigenes序列，利用Primer 3软件共设计出4 531对符合要求的引物，挑选出的100对SSR引物中，获得18对多态性高、稳定性好的SSR引物。[结论] 本研究可扩增出多态性位点的引物重复单元以二、三核苷酸重复为主。基于桤木属转录组序列的SSR标记开发是可行的，开发的引物为桤木属遗传多样性分析、分子育种、遗传图谱构建和功能基因的挖掘提供了丰富的候选分子标记