鸭MyoG基因启动子的生物信息学分析及其甲基化频率对基因表达的影响

采用RT–PCR技术扩增和克隆鸭MyoG基因启动子，并对其启动子序列进行生物信息学分析，采用Sequenom MassArray技术检测CpG岛在鸭肌肉组织中的甲基化水平，用qRT–PCR检测MyoG基因的表达量。结果表明，扩增得到鸭MyoG基因启动子序列2 730 bp，对启动子序列预测后，发现存在2个CpG岛，其中CpG岛(–2 536～–1 997 bp)存在5个转录因子结合位点和多个真核生物结构元件。甲基化检测结果表明：在鸭的个体和组织水平上，启动子甲基化率均未聚类在一起；CpG位点甲基化频率存在个体差异，22% CpG位点的甲基化频率与MyoG的mRNA表达量呈负相关(P>0.05)，78% CpG位点的甲基化频率呈正相关(P>0.05)，其中，腿肌甲基化位点CpG_1、CpG_26.27.28.29的甲基化频率与MyoG基因表达水平均呈显著相关(P<0.05)。MyoG基因在鸭与在哺乳动物中的转录调控机制存在差异。试验中发现多个影响鸭MyoG基因转录的潜在甲基化位点，其中CpG_1与CpG_26.27.28.29能通过DNA甲基化修饰影响MyoG基因在鸭腿肌中的转录。本研究结果可为鸭MyoG基因转录调控提供参考依据