基于MiSeq分析川中黑山羊瘤胃细菌的多样性及群落结构

采用MiSeq高通量测序技术分析川中黑山羊瘤胃细菌的多样性及菌群结构。选用3只140日龄健康公羊，其平均体质量为(15.53±0.21) kg，饲喂10 d后，于150日龄时采集瘤胃液(样品A)，40 d后再次采集瘤胃液(样品F)，提取瘤胃液细菌基因组DNA，对细菌16S rDNA序列V4区进行MiSeq测序。结果显示：1)从样品A与样品F中共获得高质量序列338 830条，聚类后得3 400个运算分类单位(OTU)；2)样品A的α多样性指数高于样品F的，但其差异无统计学意义；3)门水平上，样品A最高相对丰度为拟杆菌门的(占总序列数的40.87%)，其次为厚壁菌门的(27.19%)，样品F最高相对丰度为拟杆菌门的(47.12%)，其次为变形菌门的(19.99%)，再次为厚壁菌门的(18.05%)，样品A厚壁菌门的相对丰度极显著高于样品F的(P＜0.01)；4)在属水平上，样品A与样品F的最高相对丰度均为普雷沃氏菌属的(样品A的为25.54%，样品F的为27.67%)，样品A中月形单胞菌属、丁酸弧菌属、瘤胃球菌属、琥珀酸弧菌属、琥珀酸菌属等的相对丰度显著高于样品F的(P＜0.05)。试验结果表明，川中黑山羊瘤胃中相对丰度最高的菌门为拟杆菌门，相对丰度最高的菌属为普雷沃氏菌属，且两瘤胃样品中部分细菌相对丰度间的差异显著