基于RNA–Seq五指山猪背最长肌基因表达差异分析

为完善五指山猪基因结构和发掘新基因，采用转录组测序(RNA–Seq)技术对6、8月龄五指山猪背最长肌组织转录组进行分析。经过质量控制，分别得到65 683 578条(6月龄)和65 464 156条(8月龄)有效序列；与猪基因组比对后发现，转录本序列分别为20 102、25 719个；通过与各数据库进行序列对比，功能基因分别有18 206、18 374个；朋6、8 月龄五指山猪样品中预测的新转录本分别有687、737个，长度为180~14 884 bp，新转录本最少的仅含有1个外显子，而最长的包含40个外显子；新预测的可变剪接分别有28 670、32 940个，内含子保留(intron retention，IR)模型在6月龄五指山猪中的数量最多，而在8月龄猪中却以外显子跳跃(skipped exon，SE)剪切模型为主；对6 932个(6月龄)和7 110个(8月龄)基因结构进行优化，分别有2 785、2 950个基因3'端发生了延伸，4 147、4 160个基因5'端发生了延伸；分别筛选出103 250个(6月龄)和110 545个(8月龄)SNP位点，均以转换型SNP位点数量居多