川贝母转录组中SSR位点信息分析

目的：通过分析川贝母转录组简单重复序列标记（SSR）信息，为其分子标记辅助育种及种质资源保护提供技术支撑。方法：采用Illumina HiSeq2000技术平台对川贝母鳞茎及叶片进行高通量测序，采用MISA对Unigene进行SSR位点分析。结果：从转录组得到44 973条，Unigene中共检测到3 817个SSR位点，分布于3 367条Unigene序列中，出现频率为8.49%，平均每10.37 kb序列出现1个SSR位点。其中重复类型最多的为三核苷酸和二核苷酸，所占比分别为56.51%和27.06%。三核苷酸重复基序CCG/CGG所占比率最大，其次为二核苷酸重复基序AG/CT。6种SSR重复类型的重复次数主要集中于4~12次，24.55% SSR的序列长度>20 bp。结论：川贝母SSR位点出现频率较高，类型丰富，多态性较高，为其遗传多样性分析和遗传图谱构建及分子辅助育种提供了丰富的候选分子标记