5种试剂盒对血浆游离DNA提取效果的比较

目的 筛选一种操作简单、快捷、成本低、提取效率高、易富集到短片段的血浆游离DNA （cell-free DNA，cfDNA）提取试剂盒。方法 向健康人血浆中投入一定量的6种长度各异的非人源DNA，经5种试剂盒提取后，使用实时荧光定量PCR （Real-time quantitative PCR，qPCR）定量，比较5种试剂盒提取回收率的差异。用上述试剂盒提取乳腺癌患者血浆cfDNA，并对其中6种不同长度的Kras基因片段进行定量，比较5种试剂盒对cfDNA提取效率的差异。结合提取成本、耗时等综合评价，最终筛选出最优试剂盒。结果 试剂盒1对>157 bp的片段回收率最高（75.5%~87.4%），提取总cfDNA含量最高[（154.0±10.1） copies?μL-1血浆）]，每个样本提取成本为274元、耗时73 min，但提取过程需要真空泵。试剂盒2对<157 bp的片段回收率在5个试剂盒中最高（31.8%~33.7%），对<145 bp的cfDNA提取效率最高[（81.7±6.2） copies?μL-1血浆）]，提取总cfDNA含量[（137.1±13.9） copies?μL-1血浆）]仅次于试剂盒1，每个样本提取成本为15.6元、耗时43 min，无需特殊仪器。结论 试剂盒1提取的cfDNA总量最高，但成本较高；对于提取片段分布<150 bp的cfDNA，宜选用试剂盒2，且性价比最高