西藏砂生槐EST-SSR引物开发及多态性检测

砂生槐为青藏高原特有灌木种，具有重要生态价值。开发多态EST-SSR 引物对其居群遗传多样性研究及保护策略的制定具有重要意义。利用SciRoKo v3.4软件对前期获得的砂生槐转录组中146 943个转录本进行扫描共发现9 428个SSR位点。转录本中的微卫星种类十分丰富，其中以三核苷酸和五核苷酸重复最多，分别占SSR总位点数的33.32%和21.70%，重复次数主要集中在3~9次重复。其中(AG/CT)n、(GA/TC)n、(GAA/TTC)n、(AAAAT/ATTTT)n 重复基序最多，占总重复基序的4.50%、 4.34%、 3.13%和2.44%。本研究中设计130对EST-SSR引物，有80对扩增出预期大小条带，经变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测，最终有11对具有较高多态性，且对于30个模板得到的位点平均等位基因数为2.9；观测杂合度(HO)和期望杂合度(HE)平均值分别为0.423 9和0.336 4