生物信息学方法筛选结肠癌相关长链非编码RNA

摘要 目的 筛选结肠癌中差异表达长链非编码RNA（lncRNA）并探讨其表达情况。方法 从NCBI（美国国立生物技术信息中心）公共数据平台Gene Expression Omnibus（GEO）下载结肠癌基因芯片数据GSE41328，包含10对结肠癌组织及正常组织，用微阵列显著性分析（SAM）软件输出差异表达基因，信息学网站对基因重注释得到lncRNA名称，然后用Gene Cluster和TreeView软件分析差异表达lncRNA数据，进一步验证其表达情况。结果 分析GSE41328发现，与正常组织相比，结肠癌共有66个lncRNA差异表达，其中22个高表达，44个低表达，结肠癌与正常组织表达值倍数均大于2或小于0.5，差异有统计学意义。结论 运用生物信息学方法筛选结肠癌相关lncRNA，可为寻找新的肿瘤标志物提供新的途径，但其结果需要进一步实验验证