棉花WRKY转录因子家族成员的鉴定和生物信息学分析

摘要 RKY转录因子家族在植物抵御各种生物、非生物胁迫反应和生长发育调控中扮演着重要角色。利用生物信息学方法鉴定和分析棉花A基因组WRKY转录因子，共鉴定得到109个候选WRKY基因，编码区全长474~3 528 bp，基因分布在棉花13 条染色体上。依据WRKY家族基因的保守结构域和系统进化关系，将其划分为3个大组：G1组、G2组和G3组。G1组WRKY基因包括21个成员，其中18个含有两个WRKY域；G2组有73个成员，可进一步分为G2-a、G2-b、G2-c、G2-d和G2-e五个亚类； G3组WRKY基因包括15个成员。同组的WRKY成员保守域的氨基酸构成大体相似，但也存在WRKYGQK多肽和锌指结构的变异，不同组成员的氨基酸保守域组成特异。拟南芥和棉花WRKY基因的系统进化树表明，功能相似的基因聚在一起，暗示和拟南芥抗逆功能基因聚类在一起GaWRKY可能参与棉花抵御逆境胁迫反应，为进一步发现和挖掘棉花WRKY基因的功能奠定理论基础