梨Ty1-copia反转录转座子的克隆及IRAP分子标记体系的建立

【目的】从早酥梨及其红皮芽变基因组中分离Ty1-copia反转录转座子全长序列，分析序列特点，并基于其中长末端重复序列（LTR）建立IRAP分子标记体系。【方法】以早酥梨及其红皮芽变和极早熟芽变植株叶片为试材，根据已知的Ty1-copia反转录转座子保守区域设计引物，利用同源克隆技术得到目的基因。根据基因两端LTR序列设计引物，建立IRAP分子标记体系，并对早酥梨及其芽变进行遗传分析。【结果】从早酥梨基因组中获得2条Ty1-copia反转录转座子全长序列，分别命名为PbTYZS1和PbTYZS2，长度分别是9 363和9 632 bp。从红色芽变基因组中获得1条序列，命名为PbTYRM1，长度为9 652 bp。经结构分析，获得的3条序列都是典型的Ty1-copia反转录转座子，但其开放阅读框（ORF）的完整性发生了变化。利用反转录转座子LTR保守区域设计引物成功建立了IRAP分子标记体系，早酥梨与红皮芽变的平均遗传距离为0.104，与极早熟芽变的遗传距离为0.115，并且早酥梨与极早熟芽变的多态性为20.41%，较之与红皮芽变的多态性（18.89%）更为丰富。【结论】早酥梨及其红皮芽变基因组中都含有完整结构的Ty1-copia反转录转座子，建立的IRAP分子标记体系可以得到清晰稳定的多态性指纹图谱