林麝全基因组微卫星分布规律研究
Distribution Regularity of Microsatellites in Moschus berezovskii Genome

中文摘要：林麝 Moschus berezovskii是中国重要的资源动物，也是国家Ⅰ级重点保护野生动物。本研究使用生物信息学方法，分析林麝全基因组中完美型微卫星的分布特征。在林麝2.53 Gb的基因组序列中，共搜索到665 524个完美型微卫星，总长度为11 517 784 bp，占基因组序列总长度的0.42%，总丰度为244个/Mb。林麝基因组中，单碱基微卫星序列数量最多，为221 058个，约占总微卫星数的33.22%，丰度为81.05个/Mb，然后依次为二碱基、五碱基、三碱基、四碱基、六碱基重复类型微卫星。林麝基因组中数目最多的10种微卫星类别依次为：A、AACTG、AGC、AC、AT、AG、AAAT、AAC、AAT和AAAC，占所有基因组微卫星的93.2%，表现出明显的A、T偏好。林麝基因组微卫星序列分布研究表明，其在外显子（2 530个）上的分布数量远低于内含子（200 906个）和基因间隔区（454 596个），与前人关于微卫星在非编码区的分布多于编码区的结论一致。本研究为深入研究林麝基因组特征及筛选更多优良微卫星标记提供了基础数据。
英文摘要：Forest musk deer ( Moschus berezovskii) is a critically endangered species. Perfect microsatellite number and distribution regularity of microsatellites in forest musk deer genome were analyzed by microsatellite search tool. A repertoire of 665 524 perfect SSRs with 1-6 bp nucleotide motifs accounting for 0.42% of forest musk deer genome (2.53 Gb) were scanned, and the abundance of microsatellites was 244 no./Mb. Mono-nucleotide was the most abundant category with the highest relative abundance (81.05 no./Mb), accounting for 33.22% of all the SSRs, followed by di-nucleotide (21.68%), pentra-nucleotide (21.09%), tri-nucleotide (18.08%), tetra-nucleotide (5.86%), and hexa-nucleotide (0.09%). The most abundant microsatellite repeats in forest musk deer genome were A, AACTG, AGC, AC, AT, AG, AAAT, AAC, AAT, and AAAC, totally accounting 93.2% of the scanned microsatellites and showed an apparent A and T preference. The number of microsatellites located on the coding sequences ( n=2 530) was less than that on the non-coding sequence such as introns ( n=200 906) and intergenic regions ( n=454 596), and this was consistent with previous studies. This study provides adequate material for the future study of forest musk deer. 2017,36(4): 420-424 收稿日期：2017-02-17 DOI：10.11984/j.issn.1000-7083.20170044 分类号：Q959.8 基金项目：四川省科技支撑计划（2014NZ0107） 作者简介：卢婷(1991-),女,硕士研究生,从事动物分子生物学研究,E-mail:619016141@qq.com *通讯作者：岳碧松,E-mail:bsyue@scu.edu.cn 参考文献： 黄杰, 杜联明, 李玉芝, 等. 2012. 红原鸡全基因组中微卫星分布规律研究[J]. 四川动物, 31(3):358-363. 蒋雪梅, 胡廷章, 向兴胜, 等. 2015. 杨树全基因组微卫星序列的统计及其生物信息学分析[J]. 西南农业学报, 28(2):527-533. 李午佼, 李玉芝, 杜联明, 等. 2014. 大熊猫和北极熊基因组微卫星分布特征比较分析[J]. 四川动物, 33(6):874-878. 李玉芝. 2012. 大熊猫基因组微卫星序列分析和遗传标记筛选[D]. 成都:四川大学. 戚文华, 蒋雪梅, 肖国生, 等. 2013. 牛和绵羊全基因组微卫星序列的搜索及其生物信息学分析[J]. 畜牧兽医学报, 44(11):1724-1733. 戚文华, 蒋雪梅, 肖国生, 等. 2014. 猪全基因组中微卫星分布规律[J]. 畜牧与兽医, 46(8):9-13. 童晓玲, 代方银, 李斌, 等. 2006. 小鼠基因组中的微卫星重复序列的数量、分布和密度[J]. Current Zoology, 52(1):138-152. 汪自立, 黄杰, 杜联明, 等. 2013. 二斑叶螨和肩突硬蜱基因组微卫星分布规律研究[J]. 四川动物, 32(4):481-486. 王月月, 刘雪雪, 董坤哲, 等. 2015. 7种家养动物全基因组微卫星分布的差异研究[J]. 中国畜牧兽医, 42(9):2418-2426. 王