不同力场对B-DNA到A-DNA构型转变的影响

摘要 采用分子动力学模拟方法比较了最新版CHARMM和AMBER （包括bsc1和OL15）力场对水溶液中B-DNA到A-DNA转化过程的影响，利用扩展自适应偏置力（eABF）方法计算了转化过程的自由能变化.研究结果表明，在不同力场下，水环境中的DNA最稳定结构存在差异，AMBER力场比CHARMM力场更符合实验结果.AMBER力场下DNA最稳定结构的小沟较窄，稳定于B构型；而CHARMM力场下DNA最稳定结构的小沟较宽，介于B构型与A构型之间.通过分析DNA周围离子及水的分布情况发现，CHARMM力场下DNA小沟周围的离子密度明显低于AMBER力场，不能很好地抵消2条磷酸骨架之间的排斥作用，这是CHARMM力场下小沟较宽且趋向A构型的主要原因