喹啉加氧酶中氧气扩散的通道分析

摘要 通过生物信息学分析、量化计算优化、CAVER和MDpocket预测、随机加速分子动力学及伞状抽样动力学模拟等方法，对喹啉加氧酶（HOD）中的氧气扩散途径进行了计算预测.结果表明，氧气在HOD中的反应位点包埋在蛋白内部，而HOD中有数条可能的通道供氧气进出，其中长度最短的通道具有最高的优先度，不仅在随机加速动力学模拟中具有最高的氧气逸出概率，而且伞状抽样方法计算得到的自由能也最低.此通道的内端位于底物Re面的氧气结合位点，较好地解释了HOD的相关实验数据