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南京师范大学学报(自然科学版) 2018
分子模拟研究AChE与酮类曼尼希碱衍生物抑制剂相互作用的结合机理DOI: 10.3969/j.issn.1001-4616.2018.03.010 Keywords: 酮类曼尼希碱衍生物抑制剂, 乙酰胆碱酯酶, 分子动力学模拟, 结合自由能 Abstract: 主要通过分子对接(autodock)、分子动力学(MD)模拟和结合自由能(MM/PBSA)计算等方法研究了3种酮类曼尼希碱衍生物抑制剂(下文它们被标记为M1、M2和M3)与AChE的结合模式和相互作用机理. 分析表明,结合自由能的计算结果与实验测得的IC50值结果相对应,而范德华相互作用是这3种抑制剂与AChE结合的主要驱动力. 其中,M2和M3与AChE的结合模式相似,但与M1相比有些不同,这点在抑制剂与周围残基之间的能量分析上也有所体现. 残基W84和E82则是区分抑制剂M1、M2和M3生物活性高低的关键性残基
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