羟基异吲哚酮类衍生物与HIV-1整合酶的分子模拟研究

为了研究羟基异吲哚酮类衍生物与HIV-1整合酶识别的机制以及构象变化，采用AutoDock对58个羟基异吲哚酮类衍生物与整合酶进行了分子对接，并对抑制HIV-1整合酶活性较好的两个化合物所形成的复合物模型分别进行了16 ns的分子动力学模拟。基于对接复合物模型分析给出了化合物与整合酶结合的主要作用力，通过分析氢键以及构象的变化，发现氨基酸残基N155与D64之间的氢键是维持整合酶催化活性所必需的DDE基序结构稳定的关键。另外，氨基酸残基Y143所在的loop区与羟基异吲哚酮类衍生物之间的疏水作用力在受体-配体识别的过程中具有重要的作用