青稞转录组SSR位点及其基因功能分析

为了探讨青稞转录中SSR位点信息及其所在基因的生物学功能，使用MISA软件分析青稞转录组中SSR的分布频率和重复基元的基本类型，通过BLASTX对含有SSR的Unigene与nr、COG、Swiss-Prot和KEGG等公共数据库进行比对和功能注释。结果表明，在青稞转录组拼接得到的58 065个Unigene中发现9 576条序列中含有11 930个SSR位点，SSR发生频率为16.49%，平均每6.63 kb出现1个SSR位点，共有119种重复基元（motif）。青稞转录组SSR出现频率最高的是三核苷酸重复基元（64.19%），其次是二核苷酸重复基元（24.05%）。AG/CT和AGG/CCT、CCG/CGG、AGC/CTG分别是二核苷酸重复和三核苷酸重复中的优势重复基元。在转录组中SSR重复次数以5~12次为主，基序长度主要集中在12~25 bp，平均长度为21.15 bp。9 576个含SSR的Unigene与nr、COG、Swiss-Prot和KEGG等公共数据库进行BLASTX比对，分别得到7 987、5 559、5 588和2 077个注释。通过基因功能注释发现青稞转录组中含SSR的序列主要与生物的基础代谢相关。