利用chip技术研究saf基因编码区组蛋白修饰变化

目的:探讨血清淀粉样蛋白a转录激活因子(serumamyloida-activatingtranscriptionfactor,saf)编码区外显子e4a和e4b区域的组蛋白表观遗传学信息,为进一步研究saf自身的转录调控机制和该基因转录与前体mrna剪接的关系奠定基础.方法:利用染色体免疫共沉淀实验(chip)分析saf基因编码区组蛋白修饰的变化.首先收集lps刺激不同时间的thp-1细胞,终浓度为1％甲醛交联蛋白质和dna,利用超声波将其染色体随机断裂成适当大小的片段,选用chip级别兔多克隆抗组蛋白h3抗体、兔多克隆抗组蛋白h3k36三甲基化抗体、兔多克隆抗组蛋白h3k9单甲基化抗体和兔多克隆抗rna聚合酶iictd重复区5号丝氨酸磷酸化抗体实验,以富集得到的dna样品为模板进行半定量pcr和定量qpcr分析.结果:lps刺激作用下saf基因编码区组蛋白h3富集信号减弱、外显子e4a区域单个核小体上h3k9单甲基化(h3k9me1)水平减弱、h3k36三甲基化(h3k36me3)修饰富集水平增加、rnapoliictd重复序列第5号丝氨酸磷酸化水平降低.结论:lps刺激导致saf基因编码区组蛋白h3离散,该区域核小体解散、凝聚的染色体重塑呈开放构象;含saf编码区基因信息的dna暴露,利于rnapolii转录延伸.