转录因子结合位点共现研究进展

在启动子区域中,通常存在多个转录因子结合位点(transcriptionfactorbindingsite,tfbs)与不同或相同的转录因子结合。这些tfbs,不但将转录因子与目标基因联系起来,还间接提供了转录因子间协同作用的线索。而转录因子间的协同作用,是转录调控网络的重要组成部分。因此,识别在一个启动子区域同时出现的多个tfbs是构建转录调控网络的重要途径。在启动子区域成对出现的tfbs,通常用配对模体(motifpair)来表示。由多个tfbs构成的调控区域则通常被称为顺式调控模块(crm,cis-regulatorymodules)。配对模体与crm的识别算法利用了它们的保守性、位置与距离偏好性以及调控基因共表达等特性提高识别的准确性。根据tfbs的共现构建转录调控网络仍然具有较大的局限性,多种不同数据来源的整合是未来的研究方向。