sars病毒m蛋白的二级结构和b细胞表位预测

以sars病毒基因组序列为基础,采用garnierrobson方法、choufasman方法和karplusschulz方法预测蛋白质的二级结构;按kytedoolittle方案、emini方案和jamesonwolf方案预测sars病毒m蛋白的b细胞表位。预测结果表明,在sars病毒m蛋白n端第11～20、27～36区段和第133～141区段可能是α螺旋中心;m蛋白分子n端第20～27、34～37,44～56,61～64,70～76,79～97,117～132,142～147,165～176区段和第216～221区段可能是β折叠中心。在m蛋白n端第5～6、40～44、105～107、112～116、189～190、202～203区段和第210～215区段具有较柔软的结构,有可能进行一定幅度的摆动或折叠而形成较复杂的三级结构。sars病毒m蛋白n端第1～15、37～47、99～120、181～192区段和第196～215区段内或附近很可能是b细胞表位优势区域。以蛋白质的二级结构预测作为辅助手段,用抗原指数,亲水性参数和可及性参数预测sars冠状病毒m蛋白的b细胞表位,为实验确定sars病毒m蛋白的b细胞表位和免疫识别研究奠定了基础。