猪水疱病病毒外壳蛋白的二级结构和抗原表位预测

以svdv外壳蛋白基因序列为基础，采用chou-fasman法、garnier-robson法和karplus-schulz法预测蛋白质的二级结构；按kyte-doolittle方案、emini方案和jameson-wolf方案预测svdv外壳蛋白的b细胞表位。预测结果表明，svdv外壳蛋白的二级结构较为复杂,含有较多的转角和无规则卷曲等柔性区域以及α-螺旋和β-折叠区段；svdv外壳蛋白的vp1、vp2和vp3上均有多个区域为b细胞优势表位，其中，vp1蛋白的b细胞表位优势区域比vp2和vp3蛋白的多，与已鉴定的b细胞表位相比较，该方法预测的结果有较高的准确度。为实验确定svdv外壳蛋白的b细胞表位和反向疫苗学设计提供理论基础。