牦牛capn1基因的克隆与序列分析

capn1是影响肌肉嫩度的数量性状位点(qtl)的候选基因。根据genbank发表的普通牛capn1基因序列设计特异性引物，以天祝白牦牛cdna为模板，分段进行pcr扩增，克隆，测序。应用生物软件bioedit对各测序结果进行序列拼接共获得牦牛capn1cdna片段2267bp，其中包含一个2151bp的完整的开放阅读框(orf),以及3’和5’末端非编码区的部分序列(77bp和166bp)。分析表明：牦牛capn1基因编码区全长2151bp,共编码716个氨基酸。与已报道的牛，猪，人小鼠的序列进行比较，核苷酸同源性分别为99.3%，93.9%，90.0%，85.5%。预测氨基酸的同源性分别为99.4%，96.1%，94.6%，89.0%，并且对牦牛capn1四个结构域分别进行ncbiblast发现四个结构域在以上四个物种中都显示出很好的保守性，最为保守的在结构域ⅳ(>96%)。牦牛与牛产生的14个核苷酸突变中，有3个产生了氨基酸突变，均发生在结构域ⅲ。构建分子系统进化树表明：聚类结果与传统分类学相符。