大肠杆菌基因组基因无痕敲除的优化方法

目的：优化大肠杆菌基因组基因无痕敲除的方法，提高无痕敲除的效率。方法：以无痕敲除大肠杆菌nanketa基因簇为模型，利用red同源重组系统和核酸内切酶i-scei的筛选作用，通过两步连续同源重组无痕敲除大肠杆菌clm37基因组中的nanketa基因，优化无痕敲除时同源dna长度与诱导用于筛选阳性克隆i-scei表达的诱导剂浓度。通过比较敲除nanketa基因前后菌株的生长曲线，研究大肠杆菌clm37缺失nanketa基因后的生长状态。结果：成功无痕敲除大肠杆菌clm37基因组中的nanketa基因，并在无痕化处理时，通过延长与基因组同源dna的长度，由通常使用的80碱基对延长到684碱基对；并通过提高诱导筛选基因表达的四环素的浓度，由500μg/ml提高到1000μg/ml后，使无痕敲除效率高达90%以上。生长曲线研究表明，缺失nanketa基因后的菌株生长状态与原菌株基本一致。结论：通过延长与基因组同源的双链核苷酸的长度和诱导筛选基因表达的四环素的浓度可显著提高无痕敲除的效率。