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ISSN: 2333-9721
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基于pthreads的并行dsrc压缩算法设计与实现

DOI: 10.11896/j.issn.1002-137X.2015.01.021

Keywords: fastq,数据压缩,dsrc,pthreads

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Abstract:

高通量测序仪产生大量的dna数据,fastq是被广泛使用的存储dna数据的数据格式。对fastq格式的数据进行压缩处理,能有效地节省存储空间。dsrc算法具有压缩比高的优点,因此对dsrc算法进行并行能提高压缩fastq格式的dna数据的效率。基于pthreads,实现了并行dsrc算法。测试结果表明,当使用4线程时加速比达到3.5。

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