rna二级结构预测算法

1引言　　热动力学最小自由能量方法预测rna二级结构起始于tinoco等人[1].1975年pipas与mcmahom首先进行了最小化自由能量的计算方法的研究[2],其时间复杂度为o(2n),且仅用于小于200个核苷酸的短序列.studnicka等进一步定义了折叠rna分子的精密的拓朴规则[3],其算法的时间复杂度为o(n5),该算法需要人为干预,对较长序列的解一般是次最优的.nussinov首次引入动态规划算法[5],算法只考虑临近碱基的相互作用,其时间复杂度为o(n3).zuker首次将动态规