有根系统发生树的精确有效比较

系统发生树代表了不同物种之间进化关系的历史。生物信息学中的一个基本问题是对系统发生树进行比较。一种比较方法是通过定义树空间中两棵系统发生树之间的相似度或相异度来测定这两棵树的同异。robinson-foulds距离是目前使用最广泛的相异度。定义了一个用于有根系统发生树比较的新的相异度,该相异度考虑了子类间更精细的相似,而不是如robinson-foulds距离那样仅考虑子类相同与否,因此能够提供更精确、清晰的测量。给出了两个能有效计算这个相异度的算法。简单修改之后,这些结果适用于其他5个相关的比较指标。