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计算机应用 2013
相对行常量差异共表达双聚类挖掘算法Keywords: 基因芯片,基因共表达,双聚类,差异,行常量 Abstract: ?在生物信息学上,挖掘差异共表达双聚类有助于研究衰老、癌变类变化的生物过程。以往的差异共表达双聚类定义仅仅从一组基因的角度来衡量差异,导致包含了很多噪声。为了克服上述缺点提出新的差异共表达支持度misupport,可以将一组基因的差异细化到基因级别;并由此定义提出micluster算法,可以在两个真实的基因芯片数据中挖掘最大的差异共表达双聚类。micluster算法首先基于两个基因芯片数据构建差异共表达权值图,然后基于权值图,采用样本扩展和层次扩展,并利用精确的候选产生方法和高效的剪枝策略,挖掘出最大的差异共表达双聚类。实验结果证明,micluster算法比现有的算法快速高效,而且通过均方误差(mse)测试和基因本体(go)评价,挖掘出来结果具有更大的统计意义和生物学意义。
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