蕨类植物psbd基因的适应性进化和共进化分析

？d2蛋白是植物光系统ⅱ复合体（psⅱ）核心蛋白之一，由叶绿体psbd基因编码。为了深入理解核心薄囊蕨类植物在阴生环境下的“辐射”式演化，我们对12种蕨类植物的psbd基因进行了克隆和测序，然后联合已公布的其他8种蕨类植物的psbd序列，基于ω值（非同义替换率dn和同义替换率ds的比值）探讨了该基因经受的选择压力。发现d2蛋白在大多数分支和位点受到强烈的负选择，但是树蕨类分支的psbd进化速率低且ω值较高。借助多种模型进行的共进化分析显示，树蕨类d2蛋白的168r、245h和272m两两组成具有共进化关系的氨基酸位点对。