烟草est-ssr位点分析

？利用misa软件对烟草est公共数据库中的简单重复序列(ssrs)进行了分析。结果表明,在133523条est序列中,共获得81757条ssr序列,ssrs之间的距离约为0.92kb。其中,六碱基重复丰度最大,占60.3%,而单碱基、三碱基、四碱基、二碱基和五碱基重复丰度分别为20.0%、11.0%、4.2%、2.8%和1.7%。在单碱基、二碱基、三碱基和四碱基重复模体中,丰度最大的分别是a/t、ag、aag和aaat,而cg在编码区内丰度很低。用cap3软件进行冗余分析表明,在这6种类型的重复模体中,冗余与非冗余的烟草est之间没有显著差异。在得到的ssr序列中随机选择10个序列设计引物,在7个烟草品种中进行pcr扩增。结果表明,10对引物全部扩增出pcr产物,其中8对引物扩增出预期片段。用这8组扩增出预期片段的pcr产物进行变性page凝胶电泳检测,结果表明,其中有4对引物(eb4、eb5、eb6和eb8)扩增出多态性条带。