检测番茄bac序列中paralogs的blastn参数研究

？并系同源(paralog)和直系同源(ortholog)是物种进化过程中产生的两种基本的同源序列类型。目前判断ortholog的方法已经基本确立,而paralog的判断却还没有统一的标准。番茄全基因组测序正在进行中,利用gen-bank中已有的番茄bac序列进行一系列不同参数下的比对(blastn),根据比对结果确定了paralog预测的最佳参数,分别是e值为10-40,匹配序列长度为200bp,序列一致率为80%。这些参数值的确定为以后在番茄bac序列中进行paralog预测提供了适用的参数。