计算识别水稻基因组中microrna基因

一些低丰度的mirna和组织特异性mirna往往很难发现，利用生物信息学方法，根据已知水稻mirna的各种属性，设计mirna前体预测程序—premirfind，从全基因组范围中预测出1375条mirna前体，然后利用已知拟南芥的mirna对这1375条前体进行同源检索，找出166条mirna前体，再用水稻已知的mirna对这166条序列进行检索，发现其中153条与已知的水稻microrna完全相同，对剩余的13条mirna前体预测序列用mfold作进一步结构分析，最后得到10条新的候选mirna基因序列。