兔病毒性出血症病毒基因组3'端非编码区的分子克隆及生物信息学分析

采用3’race方法对兔病毒性出血症病毒（rhdv）jx/cha/97株基因组3’端全序列进行了扩增、克隆和测序，并利用dnastar和dnaman软件分析了rhdvjx/cha/97株与各参比毒株3’ncr的序列同源性，用rnastructure软件对3’ncr的二级结构进行了预测和分析。结果表明，所扩增的目的基因片段长1500bp，包括部分vp60基因序列、orf2基因、3’端非编码区（3’noncodingregion，3’ncr）和poly（a）尾巴，其中3’ncr位于orf2终止密码子tag之后。长59bp，poly（a）至少含有27个a；3’ncr序列具有较高的同源性（93．5％～100％）；3’ncr二级结构可以形成2个潜在的茎-环结构（sl1和sl2），其中sl2具有一定的保守性，其形状和形成位置与poly（a）尾巴的长度关系不大。但是sl1的结构和形成位置与poly（a）尾巴的存在与否密切相关，提示poly（a）尾巴与3’ncr高级结构的稳定性以及基因组复制有一定关系。