大口黑鲈igf-i基因内含子1、3和4序列多态性研究

根据大口黑鲈igf-i基因的cdna序列设计引物,克隆igf-i基因内含子核苷酸序列,采用pcr产物直接测序方法,在中国养殖群体和美国野生群体中筛选igf-i基因内含子上的多态位点.应用rflp、crs-rflp和sscp技术建立多态位点的检测方法,同时比较分析其中4个多态位点在两个群体中基因频率分布.结果表明:(1)igf-i基因内含子1、3和4序列长分别为1317bp、712bp和1941bp;(2)在3个内含子上共发现7个多态位点,其中在内含子1的208和1070位为g-a突变;内含子3的第40个碱基为一个"a"的插入-缺失突变,第307位为c-t突变,683位是g-a突变;内含子4上的696碱基处有一个20bp的插入-缺失突变,在1563位为g-a突变,表明大口黑鲈igf-i基因序列上存在较多的snps;(3)内含子1上snpg1070a的a等位基因能为hindiii限制性内切酶识别,采用rflp技术分型.根据内含子1上snpg208a侧翼序列,设计错配引物,使错配碱基和a等位基因共同形成taqi酶切位点,建立crs-rflp检测方法.内含子4上snpg1563a采用sscp检测方法,同时对内含子4上的插入-缺失突变进行page电泳分型.试验结果显示,rflp、crs-rflp和sscp三种snp检测方法简单易行,适于在水产动物snp标记研究中推广应用;(4)在中国养殖群体中,只有内含子1上的snpg1070a具有多态性,其它3个多态位点只在美国野生群体中存在多态,证实中国养殖群体的遗传多样性相对较低.