基于堆积协变信息与最小自由能预测含伪结的rna二级结构

rna伪结预测是rna研究的一个难点问题。文中提出一种基于堆积协变信息与最小自由能的rna伪结预测方法。该方法使用已知结构的rna比对序列(clustalw比对和结构比对)测试此方法,侧重考虑相邻碱基对之间相互作用形成的堆积协变信息,并结合最小自由能方法对碱基配对综合评分,通过逐步迭代求得含伪结的rna二级结构。结果表明,此方法能正确预测伪结,其平均敏感性和特异性优于参考算法,并且结构比对的预测性能比clustalw比对的预测性能更加稳定。文中同时讨论了不同协变信息权重因子对预测性能的影响,发现权重因子比值在l1:l2=5:1时,预测性能达到最优。